根据第五轮中国全球基金疟疾项目督导和评估（M&E）计划要求，为收集相关M&E指标的基线数据，国家项目办组织6省项目办和有关专家制定了基线调查方案。项目6省严格按基线调查方案要求，于2006年12月20日至2007年1月20日组织开展了相关M&E指标的基线调查工作。

此次调查的四个指标为：项目省疟疾流行水平（流行病学调查疟原虫镜检血片阳性率）即居民带虫率；调查的前两周内的疟疾病人在发热24小时内得到抗疟药规范治疗的比例；项目地区疟疾病例在一周内从村级报告到乡镇的比例；云南、海南省拥有药浸蚊帐（包括长效蚊帐）的家庭比例。

通过本次调查显示，项目6省居民带虫率为0.76%。各省居民带虫率高低与疟疾流行程度呈正相关，其中海南、云南等疟疾流行程度较高的省份，其居民带虫率也相对较高，安徽、湖北、河南、江苏等中部四省疟疾流行程度相对较低，本次调查发现的居民带虫率也相对较低。项目将从疟疾预防、诊断和治疗、监测和应急处理等方面，按照工作计划要求，开展各项项目活动，力争于项目Ⅰ期结束时，项目6省居民带虫率较基线下降20%。

项目6省24小时内抗疟药规范治疗的比例仅为19.42%，这与疟疾病人及时就医意识不强、村医等基层医生诊断治疗水平不高等因素有关。本项目通过开展居民疟疾健康教育、基层医生诊断治疗培训、提供疟疾病例村医治疗报告补助等项目活动，逐渐提高这一比例。

由于村医等基层医生病例报告意识不强，项目6省疟疾病例在一周内从村级报告到乡镇的比例为28.21%，不利于及时准确掌握疫情动态、及时处理疟疾暴发疫情。项目将通过加强村医诊治报告培训，提供疟疾病例村医治疗报告补助，逐渐提高村医病例报告意识及报告的及时性。

云南、海南两省至少拥有一顶药浸蚊帐的家庭比例虽较2003年有一定提高，但仍然较低，仅为9.20%。项目将采取浸泡现有蚊帐及发放长效蚊帐等方式，显著提高两省家庭拥有药浸蚊帐的比例，切实保护高危人群。