为了解第五轮中国全球基金疟疾项目执行进展及经费使用情况，指导各项目省的项目工作开展，第五轮中国全球基金疟疾项目国家项目办于2007年4月-8月间对云南、海南、安徽、湖北、江苏、河南六省及美国人口服务组织、云南出入境检验检疫局、云南省食品药品监督管理局进行了项目督导及追踪督导。
督导采取随机抽样和重点抽查相结合的方法，通过听取进展报告、查阅项目报表、原始记录、项目文件等有关资料、实地督查现场的方式，对各级项目执行进展及经费使用情况进行了全面的督导。
通过督导发现各项目省、合作伙伴都基本能按照工作计划完成各项工作，但也存在着报表审核不严、经费监管不力、资料管理不尽规范、物资管理不到位、项目活动完成质量不高等主要问题。针对发现的问题，国家项目办对各项目省、合作伙伴提出了相应的整改意见，个别项目省及合作伙伴的问题较为严重，且问题多为全省性或有延续影响，国家项目办对其采取了缓拨经费的措施，以督促其进行有效整改。在接到国家项目办的整改意见后，各项目省、合作伙伴均按照要求及时落实整改，并于规定时间内将整改结果上报国家项目办，进一步规范了项目的执行与管理。
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