2012年2－3月，云南省大理州宾川县发生疑似食源性寄生虫群体感染事件，本所及时给予有效处置和治疗，挽救26例病人生命，被大理州领导誉为“大理州人民的救命恩人”。

2012年4月，4名非洲博士后进站培。

2012年6月15日，本所与复旦大学生命科学学院在上海签署合作框架协议，启动联合实验室共建等四项合作工作。

2012年10月26日，网络国际英文学术杂志（Infectious Diseases of Poverty）创刊发行。

2012年11月，随着云南腾冲基地挂牌，本所先后建立了湖北江陵、安徽贵池、四川甘孜、广西横县、云南腾冲等5个防治实验基地。

2012年12月6日，寄生虫病所通过了2011-2012年度上海市文明单位考核。

2012年12月，寄生虫病所获国家实验室认证认可证书，通过项数达26项。