第一轮中国全球基金疟疾项目（2003.4.1-2008.3.31）覆盖云南、海南等10省47个县，总预算6,406,659.00美元。项目旨在通过加强对项目地区疟疾的及时诊断、规范治疗和有效防护、加强云南边境地区流动人口疟疾管理、开展健康教育和健康促进、加强疟疾监测和项目管理能力等，遏制项目省疟疾流行，并有效控制多重抗性恶性疟的传播与扩散。

项目自2003年4月启动以来，已执行5年，于2008年6月31日结题。项目执行期将，各项目执行单位开展了大量的疟疾诊断、治疗、预防、培训、督导、药品和设备采购分发和管理、健康促进等工作，有力地推动了中国的疟疾防治。截止2008年3月31日，第一轮中国全球基金疟疾项目累计完成发热病人血检2,448,489例，累计完成疟疾病人规范治疗463,282例，其中通过镜检确诊的人数为17,213例，累计完成乡、村医生和镜检员早期诊断和规范治疗（EDAT）培训14,745人次，累计分发杀虫剂浸泡蚊帐（ITNs）367,681顶，累计在公共场所张贴疟疾防治宣传画164,028份,累计开展中小学生疟疾知识培训9,127班次,经广播、电视进行疟防知识专题宣传377县次，基本完成了项目工作计划。

通过项目的实施，项目地区居民防疟、抗疟知识以及个人自我防护、主动就诊意识显著提高，项目地区拥有杀虫剂浸泡蚊帐的家庭比例也都有了很大提高，项目地区疟疾疫情得到了有效的控制，多重抗性恶性疟的传播与扩散得到了有效的控制。2008年1月开展的项目终期专项调查结果显示：云南省项目县疟疾调查推算发病率下降到了65.88/万，海南省项目县疟疾调查推算发病率和恶性疟调查推算发病率分别下降到了31.13/万和0.40/万。

按照全球基金的提议，由中国国家机构间协调委员会（CCM）组织评估组于2008年5月13日—5月31日开展了对第一轮中国全球基金疟疾项目的终期评估，对第一轮中国全球基金疟疾项目执行效果进行了评估，考核了项目计划和指标完成情况及工作质量、各级项目办的执行能力以及项目对各级常规疟防的促进作用。经过为期19天、从省项目办到基层乡村的抽查考核，评估组对两省第一轮中国全球基金疟疾项目的执行成效给予了综合评价，肯定了第一轮中国全球基金疟疾项目各级项目办的项目执行能力，认为第一轮中国全球基金疟疾项目较好地完成了项目工作计划各项工作任务，基本达到了项目预期目标。

根据全球基金要求，第一轮中国全球基金疟疾项目财务账户已于2008年6月30日冻结关闭，之后将进行项目终期审计，并召开项目终期总结大会。