隐孢子虫与毕氏肠微孢子虫是重要的肠道病原体，可感染多种宿主并具有潜在的人兽共患病风险。野生动物 — 家畜界面已被普遍认为是病原体跨宿主传播的关键区域，但我国新疆地区相关分子流行病学数据仍较为匮乏。本研究于 2022 年 7 月—2023 年 6 月在中国新疆维吾尔自治区博尔塔拉蒙古自治州天山北坡山地-草原生态交错带，采集191 份粪便样本，包括152 份野生啮齿动物样本，以及39 份仅采自夏季放牧季 (6—8 月)的同域偶蹄类动物样本。采用巢式 PCR 技术分别扩增隐孢子虫核糖体小亚基 (SSU) rRNA 基因与毕氏肠微孢子虫内转录间隔区 (ITS) 序列，并进行测序及系统发育分析；对部分隐孢子虫阳性样本进一步扩增肌动蛋白 (actin) 基因与热休克蛋白 70 (hsp70) 基因进行分型。结果显示，样本中隐孢子虫总检出率为 5.8% (11/191)，毕氏肠微孢子虫总检出率为 4.2% (8/191)。本研究共鉴定出 4 种隐孢子虫基因型，分别为花栗鼠基因型 V、地松鼠基因型 II、鲁氏隐孢子虫和肖氏隐孢子虫；啮齿动物适应性基因型为长尾黄鼠与灰旱獭的优势基因型，而肖氏隐孢子虫仅在牦牛中检出，提示啮齿动物适应性隐孢子虫以目内传播为主，而家畜中检测到的肖氏隐孢子虫存在间接传播和潜在跨物种传播的可能。部分分离株在 SSU rRNA 与actin基因上呈现一致的结果，但与hsp70基因的结果不一致，提示存在混合感染的可能。毕氏肠微孢子虫共鉴定出 4 种基因型，包括人兽共患型 A、BEB6，宿主特异性基因型XJHT4 以及新基因型 XJWR1。基因型 A 在啮齿动物与绵羊中同时检出，提示在共享放牧场地存在潜在的跨物种传播。

  本研究结果丰富了新疆地区隐孢子虫与毕氏肠微孢子虫的分子流行病学数据，表明在跨境牧区生态系统中，野生动物—家畜界面是病原体交流传播的潜在热点区域。本文已于2026年4月16日在线发表在Transboundary and Emerging Diseases (DOI：10.1155/tbed/5702480)。

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