5月21日下午16时左右，中国CDC第6批抗震救灾防病队的第一、第二组抵达本次地震的重灾区北川县。我所曹建平副所长受命担任第一组组长，付青被编入第二组。工作组抵达后，随即与抗震救灾指挥部和先期到达北川县的中国CDC抗震救灾防病队取得联系，并召开联合工作会议，商讨北川卫生防疫工作现状和下一步工作计划。经讨论，决定两组合并协同行动，我所曹建平副所长被推荐为组长，劭祝军为副组长。

5月22日，工作组决定将工作重点放在疾病监测和环境食品卫生方面，成立了疾病监测组、环境卫生和食品卫生组、信息组和后勤组。疾病监测组主要负责了解和监测当地人群疾病特别是传染病的流行情况；环境卫生及食品卫生组主要负责了解当地人群居住地环境卫生情况以及救灾食品运输、贮存、发放和食用过程中的卫生情况；信息组主要负责工作信息收集整理和汇总；后勤组主要负责工作组队员的后勤保障和营地安全。

随即，各组展开工作，疾病监测组根据目前的情况，讨论了灾后人群疾病及症状监测实施方案的框架和主要内容，完成了《四川省绵阳市北川县灾后人群疾病及症状监测实施方案》的初稿，进一步完善后将上报北川县抗震救灾指挥部。环境卫生和食品卫生组对当地环境卫生和食品卫生可能存在的情况进行了讨论，初步确定了重点的调查区域和内容，并对北川中学操场安置点、北川中学救灾物资发放供应点、任家坪救灾物资1号和2号库进行专项调查，调查内容包括环境卫生、食品卫生等，完成初步的调查报告，根据调查结果向北川县抗震救灾指挥部提交了进一步工作建议。

为了发挥共产党员的先锋模范作用，北川县工作组11名党员组成了北川县工作组临时党支部，邵祝军任支部书记，随后召开了第一次临时党支部会议，确定了近期支部工作的重点内容。